Mehmed szultán 1566-ban született Safiye szultána és III. Murad szultán fiaként Isztambulban. Az utolsó olyan uralkodó volt az Oszmán történelemben, akit még megfelelő módon készítettek fel a trónra. A szultán édesapja 1595-ös halálát követően lépett az Oszmán Birodalom élére, melyet követően 19 testvérét megölette az államrend érdekében. Apjához hasonlóan a birodalmi irányítás nem érdekelte, helyette anyja, Safiye irányította az uradalmat.
Mehmed uralkodása alatt a magyarföldön vívott 15 éves háború tovább folytatódott, mely különös veszélyeket akkror rejtett magában, amikor a Duna-menti fejedelemségek egyesült csapatai legyőzték Gyurgyevónál az oszmán sereget. Mehmed Szegedre érkezve Jafer pasát Szolnokra küldte 150 ezer főt számláló serege éléről, ő pedig Eger vára ellen ment, melyet végül sikeresen elfoglalt 1596. október 13-án.
A szultán viszonylag fiatalon, 37 évesen, bizonyos történelmi forrásokra hagyatkozva, halt meg valószínűleg szívinfarktusban 1603. december 22-én.